主人公叫美雨,卡利雍館,謎晶的小說叫《少女音樂盒》，這本小說的作者是北山猛邦創作的未來世界、變身、推理類小說，內容主要講述：未來，人類建立「檢閱局」審查思想，檢閱官以消滅犯罪為由焚毀一切書籍，推理小說是頭號敵人，音樂總有一天會成禁品。但犯罪仍未消失，在陸地逐漸被大海吞沒的末日世界，生命苦短的人們不惜觸犯禁忌也想留下永恆的事物。

有人作出「謎晶」，將推理知識銘刻在上躲過搜查；孤島上，有人在稱作「卡利雍」的洋館不斷製作音樂盒、放任「罪惡」滋生……

少年克里斯立志成為推理作家，尋找殘存的書籍。在旅行途中，他遇見了被檢閱官無情追捕的啞巴女孩悠悠，結伴一起逃亡；也獲得熟識的少年檢閱官榎野幫助，得知悠悠是卡利雍館的逃亡者、被懷疑藏有謎晶。

為了洗刷悠悠的嫌疑，三人前往洋館。可是，洋館主人見到逃亡者歸來卻面不改色；館內也早有另一名少年檢閱官，但他對主動尋找謎晶興致缺缺，反而像玩弄獵物的貓，旁觀音樂盒工匠亂成一團，還隨興地與榎野定下決鬥、比賽誰先找出謎晶，卻足不出戶。

弄不清洋館主人的真意，也找不到謎晶線索，一無所獲的當晚，三人驟然發現一具被高刺插於燈塔尖端的離奇屍體；又聽聞夜半時分，有幽靈徘徊走廊、物色適合作成音樂盒的少女身體……